Het komt erop neer dat water afkomstig van een reservoir waarin vissen zwemmen van tijd tot tijd geloosd wordt in een plantenbak waarvan het medium kan bestaan uit kleikorrels. De kleikorrels huisvesten allerlei bacteriën die het vissenafvalwater omzetten in de juiste voeding voor de planten. Het gezuiverde water gaat terug naar de vissen.
een aquaponics-schema De controller geeft van tijd tot tijd het commando aan de dompelpomp om gedurende een bepaalde tijd water te pompen vanuit de visbak naar de plantenbak toe. Wanneer in de plantenbak een bepaald niveau bereikt is omdat de niveau-sensor triggert wordt de pomptijd vroegtijdig afgebroken. De plantenbak loopt langzaam terug leeg. Op een display kan de status gevolgd worden.